Het is een gemeenschappelijke veronderstelling dat hydrocultuur landbouwsystemen die zijn meestal ingesloten zijn vrij van schadelijke insecten en andere ziekte die organismen. Dit is echter niet waar. Vanwege het ontbreken van natuurlijke milieu controles kunnen hydrocultuur systemen besmet met de pest bevolkingsgroepen die zich heel snel kunnen verspreiden als niet gegeven aandacht meteen.
Spin mijten zijn gemeenschappelijke hinder die op planten in de bodem minder systemen groeien. Ongemerkt groeien op de onderkant van de bladeren, die kunnen zij beginnen infecteren van planten. Om te verhinderen dat spinmijten groeit weer, bladeren met een oplossing van rozemarijnolie of rozemarijn olie gebaseerde pesticiden sproeien wordt aanbevolen en dus zijn Pyrethrine gebaseerde (chrysant flower extract) sprays.
Pyrethrinsprays hebben weinig effect op de kwaliteit van de smaak van fruit en groenten maar spinmijten kan een weerstand tegen het ontstaan als vaak gebruikt. Neem olie kunnen ook worden gebruikt om te controleren spinmijten hoewel ze moeten worden gespoten op planten voordat vruchtlichamen of bloei begint omdat de smaak van de vruchten van ontwikkeling kan worden beïnvloed.
Andere soorten plant ongedierte zoals schimmels veroorzaken schade aan planten in hydrocultuur systemen ook. Een all-purpose behandeling van water, bicarbonaat, citroensap en een zeer minieme hoeveelheid schotel wasmiddel gespoten op de getroffen delen van planten heeft bewezen effectief te zijn. Wanneer met behulp van deze oplossing is het belangrijk om ervoor te zorgen dat alle gebieden voor de voedingsoplossing open zijn goed behandeld zodat de zeepbellen niet op de voedingsoplossing ontwikkelen. Een andere is all-purpose controlerende plant plagen het Bordeaux mengsel dat bestaat van grond kalk en kopersulfaat. Deze oplossing is al geprobeerd en op meer dan een eeuw getest bij het doeltreffend beheersen van de groei van zwammen echter niet heel organisch.
Een andere benadering van plant disease control die ideaal is voor gebruik in hydrocultuur systemen staat bekend als biologische schimmel moordenaar die in feite het gebruik van natuurlijk voorkomende en ongewijzigde bacteriën en schimmels is te voegen plant besmetting. Deze methode is effectief op vier manieren. Biofungicides ziekte organismen die door het produceren van chemische verbindingen die met interfereren aanvallen en uiteindelijk doden de ziekte veroorzaakt organisme.
Biofungicides kan ook consumeren voedsel van plagen of gebruik de leefruimte om volledig uit te roeien de plaag. Dit kunnen ook voeden direct op de schimmel of pest gebruiken als een host. Tot slot kan biofungicides natuurlijke antibiotica die de plant capaciteit verheffen kunnen te weerstaan ziekten veroorzaken. Deze natuurlijke schimmel-doden organismen zijn veiliger en stabieler als het gaat om opslag in vergelijking aan giftige chemische stoffen. Ze zijn niet giftig voor planten ook ondanks herhaalde gebruik. Deze stoffen hebben echter ook hun nadelen. De organismen hebben een smallere streefzone, vereisen meer voorbereiding voorafgaand aan hun gebruik en hebben een kortere houdbaarheidsperiode ten opzichte van chemische stoffen.